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基因的启动子及其上游调控区
发布日期:2015-04-02   分类:

      通常我们说的启动子仅是指与RNA 多聚酶复合物结合并启动基因RNA转录有关的区域。这个区域无论在原核或真核生物中的长度一般都在RNA转录起始位点上游的100 bp之内。启动子主要决定基因的转录起始频率和效率。

      但一个基因是否会启动转录,以及在什么时候、什么条件下启动,并不仅仅决定于启动子,更与启动子上游的调控序列有重要的关系。例如:上游激活序列(UAS)、上游抑制序列(URS)等。这些上游序列的长度范围因生物物种的不同而异,一般原核生物较短、真核生物较长。高等真核生物更长些。通常在几百bp甚至上千bp。这些上游序列是结合各种受条件影响的转录调控因子的位点,例如生物在温度、激素、各种离子以及其他小分子信号等的刺激下,某些基因特异的转录激活因子就会结合到UAS,或某些特异的转录抑制因子就会从URS上解离下来,从而引起下游启动子的转录起始。

   因为启动子的序列结构相对简单且保守,至今人们对启动子的结构与功能已经研究的相当透彻了,所以现在人们更多关注的是基因上游的调控序列与其相应的调控因子之间的相互作用及其对基因转录表达的影响。

附录:分析和预测启动子结构的常用网址

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

国际基因组数据库

美国国际生物技术信息中心:www.ncbi.nlm.nih.gov

欧洲生物信息学研究所:www.ebi.ac.uk/embl

日本国家遗传学研究所:www.ddbj.nig.ac.jp

植物数据库:PlantCARE  http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

植物数据库:PLACE

http://bip.weizmann.ac.il/toolbox/seq_analysis/promoters.html#databases
http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html
http://sdmc.lit.org.sg/promoter/CGrich1_0/CGRICH.htm
http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#pmatch
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_pathway.html#Promoter
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalup.html
http://intra.psb.ugent.be:8080/PlantCARE/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/
http://thr.cit.nih.gov/molbio/signal/
http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm
http://bioportal.bic.nus.edu.sg/tres/